При выборе в контекстном меню Сценария  Добавить ссылку на переменную... открывается окно Задание ссылки на входную переменную они добавляются, но при повторном входе в это окно они [переменные] не отображаются, хотя создать ещё одну переменную с таким же именем нельзя.

Повторить ‘неотображение’ переменных при повторном входе у нас не получилось. При каждом открытии окна ‘Задание ссылки на входную переменную’, у нас показываются одни и те же возможные для использования входные переменные.
Создать в одном тестовом сценарии два элемента с одним именем действительно нельзя. Это наше сознательное ограничение. Оно направленно на повышение оптимальности конечного результата и позволяет уменьшить время процесса моделирования, а также время отработки будущего сгенерированного (при необходимости) программного кода.

Проект и тестовые сценарии – это две отдельные сущности. Вместе начинают работать они только в процессе моделирования. Перед каждым циклом моделирования элементы текущего выделенного в дереве сценария начинают последовательно выполняться. Каждый элемент отрабатывает для некоторой входной переменной назначенный на него вид подыгрыша. Т.е. исполняется подыгрыш, и результирующее значение присваивается данной переменной. При этом используется та входная переменная, имя которой совпадает с именем данного дочернего элемента тестового сценария. Иначе говоря, это тестовые сценарии работают с входными переменными проекта, а не наоборот. Проект никак не связан со сценариями и ничего не знает об их существовании.
Имена входных переменных в своей области видимости уникальны. Это и используется для привязки элементов тестовых сценариев к ним.

При выборе в контекстном меню Сценария  Добавить ссылку на переменную... открывается окно Задание ссылки на входную переменную они добавляются, но при повторном входе в это окно они [переменные] не отображаются, хотя создать ещё одну переменную с таким же именем нельзя.

И проект из примеров всё так же покрыт тайной (откуда проект вытянул переменную из проекта сценария?)

"Demo Projects\Imitations\Formula tree 2"

В указанном проекте реализован сценарий для "мигания" текста.
В расположенном там объекте Текст в свойстве Текст используется f(x)

f(x) = text

Причём переменная text в указанной функции относится к переменной в используемом сценарии.

Внимание вопрос "Как передавать переменные из и в сценарии?"

// Можно же запускать сценарий при изменении значения какой-либо переменной, значит, гипотетически это сделать можно.